生物特征识别技术关乎国家与公共安全，自动化所在虹膜、脸相、指纹等一系列生物特征识别技术方面开展了系统深入的研究。其中自主研制的虹膜识别技术已在煤矿安全生产和管理等领域推广应用；人脸识别技术在深圳罗湖口岸得以试用；指纹识别技术已在多个行业得到应用。生物识别系列产品将在金融、卫生、体育、安全等多个领域中发挥重要作用。“基于混合匹配的指纹识别系统与应用”获2004年度国家科学技术进步二等奖；“虹膜图像获取与识别技术”获2005年度国家技术发明二等奖。